Auf der Jahreshauptversammlung des deutschen Fußball-Rekordmeisters am Donnerstagabend wurde er von 2516 der 2591 stimmberechtigten Mitglieder (97,1 Prozent) für weitere drei Jahre wiedergewählt. Als Präsident ist Hoeneß (60) zugleich Aufsichtsratsvorsitzender der FC Bayern München AG.
Bei seiner ersten Wahl 2009 hatte Hoeneß 99,2 Prozent erhalten. Die 69 Gegenstimmen kamen aus dem Lager der Stehplatz-Anhänger aus der Südkurve, mit denen der Verein derzeit über Kreuz liegt. Hinzu kamen sechs Enthaltungen.
Die bisherigen Vizepräsidenten Bernd Rauch (69) und Fritz Scherer (72) traten nicht mehr zur Wahl an. Als ihre Nachfolger wurden der bisherige Finanzvorstand Karl Hopfner (60) und das bisherige Verwaltungsbeirats-Mitglied Rudolf Schels (63) gewählt. Nachfolger von Hopfner wird spätestens Ende März 2013 Jan-Christian Dreesen (45), seit 2009 Vorstand der Bayerischen Landesbank.