Vor 12.641 Zuschauern im ausverkauften Ernst-Abbe-Sportfeld erzielten David Alaba (54.) und Nils Petersen (70.) die Treffer.
Die Bayern, die zum Gastspiel in Thüringen in Bestbesetzung antraten, taten sich in der ersten Halbzeit schwer. Zwar konnte sich München durch Mario Gomez (23.) und Franck Ribéry (36.) gute Chancen erspielen, an der Verwertung mangelte es bis zum Seitenwechsel jedoch. Nach der Pause erhöhten die Gäste den Druck und wurden für ihre Mühen belohnt. Petersen, der vier Jahre lange für Jena spielte, setzte mit seinem Treffer bei der Rückkehr an die alte Wirkungsstätte den Schlusspunkt.
"Wir sind gekommen, um dem Verein bei der wirtschaftlichen Konsolidierung zu helfen. Dafür haben wir gern unsere beste Mannschaft geschickt", sagte Bayerns Sportdirektor Christian Nerlinger vor der Begegnung. Durch den Auftritt der Münchner Startruppe nahm der finanziell angeschlagene Drittligist knapp 200.000 Euro ein.