Der 35-Jährige unterschrieb einen Vertrag für ein Jahr mit einer Option für eine weitere Spielzeit.
"Van the Man" war im Winter 2010 vom spanischen Rekordmeister Real Madrid zum HSV gewechselt, hatte aber seinen im Sommer 2011 auslaufenden Vertrag bei den Hanseaten nicht verlängert. Málaga beendete die abgelaufene Saison auf Platz elf von La Liga. Klubboss Scheich Abdullah Al-Thani will mit den "Boquerones" in der neuen Saison die Europapokal-Plätze attackieren.
Bei den Südspaniern trifft van Nistelrooy in Trainer Manuel Pellegrini auf einen alten Bekannten aus gemeinsamen Zeiten bei Real Madrid. Zudem verlängerte der ehemalige Münchner Innenverteidiger Martin Demichelis seinen zum Saisonende auslaufenden Vertrag in Málaga bis 2014.