Hoeneß, der nach 30 Jahren im Amt des Managers dem nach 15 Jahren an der Spitze des Klubs ausgeschiedenen Franz Beckenbauer auf den Präsidenten-Stuhl nachfolgte, wurde von 4458 der 4490 Mitglieder auf der Jahreshauptversammlung der Bayern bei 20 Gegenstimmen und zwölf Enthaltungen gewählt.
Gemeinsam mit Hoeneß wurden die bisherigen Vize-Präsidenten Fritz Scherer und Bernd Rauch erneut in das dreiköpfige Gremium aufgenommen. Der 57 Jahre alte Hoeneß beerbte Beckenbauer zudem als Boss des Aufsichtsrates. "Ich kann versichern, dass ich in diesen drei Jahren, für die ich gewählt wurde, alles dafür tun werde, dass wir auch sportlich wieder erfolgreich sein werden", sagte Hoeneß nach seiner Wahl an die Spitze des Klubs.