Der australische Nationalstürmer zog sich im Training am Freitag einen Riss des vorderen Kreuzbandes im linken Knie zu, wie eine MRT-Untersuchung am Samstag ergab.
Kruse soll bereits Mitte kommender Woche operiert werden. Der 25-Jährige bestritt in dieser Spielzeit 15 Bundesliga-Einsätze für Bayer 04 und erzielte dabei zwei Treffer.