Die favorisierte Mannschaft von Trainer Julian Nagelsmann kam im Rückspiel am Dienstagabend gegen den FC Villarreal nicht über ein 1:1 (0:0) hinaus und schied nach dem 0:1 im Hinspiel aus.
Robert Lewandowski (52.) brachte die Münchner vor 70.000 Zuschauern in der ausverkauften Allianz Arena in Führung, Joker Samu Chukwueze (88.) traf vier Minuten nach seiner Einwechselung zum Ausgleich der Gäste.
Im Halbfinale trifft der spanische Europa-League-Sieger am 26./27. April und 3./4. Mai auf Jürgen Klopps FC Liverpool oder Benfica Lissabon. Das Endspiel findet am 28. Mai in Paris statt.