Berger spielte in der Saison 1995/96 für den BVB und gewann dabei mit den Westfalen die deutsche Meisterschaft. Im gleichen Jahr stand der 44-malige Nationalspieler auch im EM-Finale, das die Tschechen mit 1:2 per Golden Goal gegen Deutschland verloren hatten. Dabei hatte der Mittelfeldspieler per Foulelfmeter den Führungstreffer erzielt.
Nach seiner Dortmunder Zeit wechselte Berger nach England und spielte dort für Rekordmeister FC Liverpool (1996 bis 2003), den FC Portsmouth (2003 bis 2005), Aston Villa (2005/06 und 2007/08) sowie Stoke City (2006/07), bevor er zurück nach Tschechien ging.