Der 25-Jährige bestritt bislang 59 Zweitligaspiele für die SpVgg Greuther Fürth und Ingolstadt, in denen er vier Tore erzielte. Sein Vertrag in Berlin läuft bis 2013 für die 2. Liga und bis 2015 für die Bundesliga.
"Markus Karl ist mein Wunschspieler auf der 'Sechs', den ich schon seit seiner Zeit bei den Amateuren des Hamburger SV kenne und nie aus den Augen verloren habe", sagte Unions Trainer Uwe Neuhaus über seinen Neuzugang.