"Ich hatte hier viereinhalb fantastische Jahre, aber es scheinen sich aktuell Optionen zu ergeben, die ich prüfen möchte und das wollte ich nicht hinter dem Rücken des Vereins tun. Deswegen habe ich vor wenigen Tagen um Freistellung gebeten. Die Mannschaft habe ich nach dem Spiel gegen Erndtebrück informiert", erklärte Wagner im Anschluss an die siebte Saisonniederlage des Drittliga-Absteigers, der aktuell auch in der Regionalliga West einen Abstiegsplatz belegt.
Der 44-jährige Ex-Profi trat am 1. Juli 2011 die Nachfolge von Theo Schneider als Trainer der U23 von Borussia Dortmund an. Sein Vertrag wurde in Dortmund im November 2013 bis zum Sommer 2017 verlängert. Zuletzt gab es immer wieder Gerüchte, dass Wagner seinem Kumpel Jürgen Klopp nach England zum FC Liverpool folgen und in dessen Trainerstab arbeiten könnte.