Der mit Par-72 gestartete Cejka glänzte mit einem Eagle am 13. Loch, spielte aber gleich danach sein zweites Bogey. Dank weiteren drei Birdies kam der Münchner mit 69 Schlägen am Ende noch auf das fünftbeste Tagesresultat. Der schon zum Auftakt führende Titelverteidiger Stuart Appleby blieb auch in der zweiten Runde mit nun insgesamt 138 Schlägen gemeinsam mit fünf US-Profis vorn.
Der Australier hatte bereits 1999 erstmals in Houston gewonnen. Während der ehemalige British-Open-Sieger Justin Leonard (USA) mit 140 Schlägen auf den zehnten Platz zurückfiel, verpasste US-Open-Gewinner Michael Campbell (Neuseeland) mit 155 Schlägen die Qualifikation für die beiden Schlussrunden um zehn Schläge.